Labore

Bioinformatik

Lerninhalte

  • Daten und Datenwachstum
  • Biologische Grundlagen
  • Datenbanken und Public-Domain-Bioinformatikeinrichtungen
  • Grundlagen des Sequenzvergleichs
  • Methoden des Sequenzalignments
  • Heuristische Methoden zum Sequenzvergleich
  • Multiple Alignments
  • Primer Design

Ausstattung
Hardware:
je 39 Arbeitsplatzrechner
1 Windows- Server
1 Linux-Server
1 Lizenzserver
Anbindung aller Rechner an das Campusnetz
1 Scanner
1 Farblaserdrucker (DIN A3)

Software:
MS Office
Autocad mit verschiedenen Symbolbibliotheken
Inventor
Entwicklungsumgebung MS-Visual Studio
ArcGIS
Quantum GISChemcad
MySQL
FEFLOW-Simulationstool für Grundwassersituationen (Strömungs- und Transportmodelle)

Technische Daten:
Die Einzelplatzrechner sind als leistungsfähige Rechner für den Einsatz als CAD-Stationen sowie zur Simulation von verfahrenstechnischen Prozessen ausgelegt.
Alle Rechner sind in einem Labor-Datennetz eingebunden und können auf den Laborserver wie auch das Campusnetz zugreifen.

Praktika und Übungen
Übungen zu

◾ Datenbanken und Datenbankrecherchen, z. B. GenBank, UniProt, PDB, KEGG, ensembl

◾ Paarweisen Sequenzalignments, z. B. Lalign, Needle, Water

◾ Sequenzvergleichssuche in Datenbanken, z. B. BLAST, FASTA

◾ Multiple Sequenzvergleiche, z. B. Clustal Omega

◾ Primerdesign, z. B. Primer-BLAST
 
Einsatz des Labors bei Forschungsprojekten

◾ V. a. qPCR Assay Design