Labore
Bioinformatik
Lerninhalte
- Daten und Datenwachstum
- Biologische Grundlagen
- Datenbanken und Public-Domain-Bioinformatikeinrichtungen
- Grundlagen des Sequenzvergleichs
- Methoden des Sequenzalignments
- Heuristische Methoden zum Sequenzvergleich
- Multiple Alignments
- Primer Design
Ausstattung
Hardware:
je 39 Arbeitsplatzrechner
1 Windows- Server
1 Linux-Server
1 Lizenzserver
Anbindung aller Rechner an das Campusnetz
1 Scanner
1 Farblaserdrucker (DIN A3)
Software:
MS Office
Autocad mit verschiedenen Symbolbibliotheken
Inventor
Entwicklungsumgebung MS-Visual Studio
ArcGIS
Quantum GISChemcad
MySQL
FEFLOW-Simulationstool für Grundwassersituationen (Strömungs- und Transportmodelle)
Technische Daten:
Die Einzelplatzrechner sind als leistungsfähige Rechner für den Einsatz als CAD-Stationen sowie zur Simulation von verfahrenstechnischen Prozessen ausgelegt.
Alle Rechner sind in einem Labor-Datennetz eingebunden und können auf den Laborserver wie auch das Campusnetz zugreifen.
Praktika und Übungen
Übungen zu
◾ Datenbanken und Datenbankrecherchen, z. B. GenBank, UniProt, PDB, KEGG, ensembl
◾ Paarweisen Sequenzalignments, z. B. Lalign, Needle, Water
◾ Sequenzvergleichssuche in Datenbanken, z. B. BLAST, FASTA
◾ Multiple Sequenzvergleiche, z. B. Clustal Omega
◾ Primerdesign, z. B. Primer-BLAST
Einsatz des Labors bei Forschungsprojekten
◾ V. a. qPCR Assay Design